中段隧道是中九龍幹線的重要一環。此項目包括建造一條全長2.8公里的雙程三線行車隧道，兩條連接油麻地東及啟德西的明挖回填隧道，在何文田建造通風豎井、坑道及通風大樓地基，以及其他相關工程。

中段隧道將貫穿九龍區心臟地帶，隧道走線更會相當接近4條地鐵隧道。於如此人口稠密的位置建造隧道非常具挑戰性，工程需要慎密的項目管理以確保地面活動及港鐵服務不受阻礙。尤其是進行鑽挖爆破的時候，工程團隊會針對接近港鐵隧道及建築物樁柱的敏感位置採用先進的雙層炸藥安裝技術以減低對周圍的影響。複雜的地質亦為工程帶來相當大的挑戰。整個隧道鑽挖工程將跨越7層主要地質斷層。因此工程將應用不同的鑽挖方式，包括鑽挖爆破和傳統鑽挖方法，以及於挖掘軟土時運用大量臨時支架以應付堅硬石層或脆弱泥土等不同的地質。